廢水生物除磷包括厭氧釋磷和好氧攝磷兩個過程，因此廢水生物除磷的工藝流程由厭氧和好氧兩個部分組成。按照磷的最終去除方式和構筑物的組成，除磷工藝流程可分為：主流程除磷工藝和側流程除磷工藝。
主流除磷工藝的厭氧段在處理污水的水流方向上，磷的最終去除通過剩余污泥排放，典型的方法有厭氧/好氧(A/O)工藝，其他方法有厭氧/缺氧/好氧(A/²O)工藝、Phoredox工藝、UTC工藝、VIP工藝以及SBR工藝、氧化溝工藝等。
側流工藝的厭氧段不在處理污水的水流方向上，而是在回流污泥的側流上，具體方法是將部分含磷回流污泥分流到厭氧段釋放磷，再用石灰沉淀去除富磷上清液中的磷。
除磷設施運行管理的注意事項
1)厭氧段是生物除磷最關鍵的環節，其容積一般按0.5~2h的水力停留時間確定，如果進水中容易生物降解的有機物含量較高，應當設法減少水力停留時間，以保證好氧段進水的BOD5含量。
2)如果磷的排放標準很高，而所選的除磷工藝不能滿足出水要求，可以增加化學除磷或者過濾處理去除水中殘留的低含量磷。
3)生物除磷工藝的機理是將溶解轉移到活性污泥生物細胞中，通過剩余污泥的排放從系統中除去。在污泥的處理過程中，如果出現厭氧狀態，剩余污泥中的磷就睡重新釋放出來。
重力濃縮容易產生厭氧狀態，有除磷要求的剩余污泥處理不能采用這種方法，而應當使用氣浮濃縮、機械濃縮、帶式重力濃縮等不產生厭氧狀態的濃縮方法。如果只能選擇重力濃縮時，必須在工藝流程中增設化學沉淀設施去除濃縮上清液中所含的磷。
4)泥齡是影響生物脫氮除磷的主要因素，脫氮要求越高，所需泥齡越長。而泥齡越長，對除磷越不利。尤其是在進水BOD5/TP小于20時，泥齡越短越好。
但如果進水BOD5偏低，活性污泥增長緩慢，就不可能將泥齡控制的太短，此時必須進行化學除磷。
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