第二條 本辦法所稱水污染防治專項資金（以下簡稱專項資金），是指中央財政安排，專門用于支持水污染防治和水生態環境保護方面的資金。
第三條 專項資金實行專款專用，專項管理。
第四條 專項資金由財政部會同環境保護部負責管理。
第五條 專項資金重點支持范圍包括：
（一）重點流域水污染防治；
（二）水質較好江河湖泊生態環境保護；
（三）飲用水水源地環境保護；
（四）地下水環境保護及污染修復；
（五）城市黑臭水體整治；
（六）跨界、跨省河流水環境保護和治理；
（七）國土江河綜合整治試點；
（八）其他需要支持的有關事項。
第六條 專項資金根據各項水污染防治工作性質，主要采取因素法、競爭性等方式分配，采用獎勵等方式予以支持。采用因素法分配的，主要為目標考核類工作，考核結果作為專項資金分配的參考依據；采用競爭方式分配的，主要為試點示范類工作，通過競爭審定工作方案，財政部會同環境保護部按照工作通知確定的程序組織競爭性評審。
第七條 對于試點示范類工作，財政部會同環境保護部根據國家有關部署及要求確定專項資金年度支持重點領域，組織地方申報實施方案，并擇優支持。
第八條 地方財政及環境保護部門要按規定管理和使用中央撥付的專項資金，組織實施相關工作，落實工作任務，對采用政府和社會資本合作（PPP）模式的項目予以傾斜支持。
第九條 專項資金支付應當按照國庫集中支付制度有關規定執行。涉及政府采購的，應當按照政府采購有關法律規定執行。涉及引入社會資本的，應當按照政府和社會資本合作有關規定執行。
第十條 財政部會同環境保護部組織對水污染防治專項工作開展績效評價，并依據績效評價結果獎優罰劣。對于績效評價結果較好、達到既定目標的，給予獎勵；對于績效評價結果較差、無法達到既定目標的，予以清退，并收回專項資金。
第十一條 地方財政部門會同同級環境保護部門按照職責分工，加強對方案組織實施和資金使用管理的監督檢查。
第十二條 任何單位或個人不得騙取、截留、挪用專項資金。對違反規定，騙取、截留、挪用專項資金的，依照《財政違法行為處罰處分條例》等有關規定追究法律責任。
第十三條 本辦法由財政部會同環境保護部負責解釋。
第十四條本辦法自發布之日起施行。
2013年11月12日印發的《財政部環境保護部關于印發<江河湖泊生態環境保護項目資金管理辦法>的通知》（財〔2013〕788號）同時廢止。
